Gjatë periudhës së Rilindjes, librat përgjithësisht ishin në pronësi të kishave, manastireve dhe individëve të pasur. Papët mblidhnin libra për bibliotekën e tyre private. Biblioteka e Vatikanit u themelua në shekullin e katërmbëdhjetë nga Papa Nikolla V. Ai kishte në plan të krijonte një “bibliotekë publike”, në shërbim të studiuesve. Per kete qellim bleu vepra dhe punësoi kopjues për t’i kopjuar dorëshkrimet origjinale, të cilat pronarët e tyre nuk i shisnin, dhe ai vete i mbikëqyrte punimet e bëra prej tyre. Ai i ftoi hulumtuesit italianë dhe bizantinë në Romë dhe për bibliotekën e tij u kerkoi të përktheninn ne latinisht klasikët grekë. Menjehere pas shpikjes se shtypit, u sigurua një koleksion librash të shtypura. Papa Nikolla vdiq para se të themelohej plani i tij për një bibliotekë publike.
Papa Sixtus krijoi një zonë të përhershme në pallatin e Vatikanit, për të mbajtur vëllimet, regjistrimet dhe arkivat sekrete dhe e quajti atë bibliotekë Palatine. U shtuan rafte, tavolina, stola dhe pajisje shtypi, dhe drejtori i bibliotekës përgatiti katalogun e parë të koleksionit.
Salla e leximit ishte përgatitur për të akomoduar hulumtuesit. Per rreth bibliotekës kishte dhe stola druri te gdhendur, ku shumica e librave ishin të lidhura me zinxhir, një praktikë e zakonishme në atë kohë. Me kalimin e kohës u shtuan blerjet dhe dhurimet. Në shekullin e tetëmbëdhjetë biblioteka Heidelberg u transferua në Romë.
Publikut do ti lejohej qasje vetëm në dhomat e leximit. Deri ne shekullin shtatëmbëdhjetë dijetarëve u lejohej të huazonin libra, dhe po mos kthyeheshin ne kohën e duhur, pas nderhyrjes se bibliotekarëve, vetë Papa do të duhej t’u dërgonte një kujtese.
Kur u zhvilluan politikat e reformimit nga Vatikani, rregullat e bibliotekës u ndryshuan, u ndalua qasja ndaj shumë librave. Papa Leo hapi zyrtarisht bibliotekën për studiuesit në 1883. Atë Franz Ehle prefekti i bibliotekës, i beri rregulloret më strikte.
Ka pasur polemika rreth disa materialeve që iu shtuan bibliotekës. Librat e parë të “Annals of Tacitus”, dihej se ishin vjedhur nga manastiri i Corvey. Në fillim të shekullit XVI, Papa Leo i shtiu ato ne dore. Më 1515 ai realizoi kopjet e dorëshkrimit dhe ia dërgoi Abatit te Corvey një seri librash të ‘shtypura’ dhe të lidhura posaçërisht per ta.
Në 1809 Napoleon Bonaparte e arrestoi Pius 7-të dhe urdhëroi transferimin dokumenteve dhe arkivave të Vatikanit në Paris. U dërguan tre mijë valixhe materiale. Pasi renjes se Napoleonit në 1814, u deshën tre vjet për t’i zhvendosur, materialet përsëri në Vatikan. Por vetëm një e katërta e dokumenteve u kthyen në bibliotekë.
Në 1995 profesori i artit në Universitetin Shtetëror të Ohajos vodhi dy fletë nga një dorëshkrim mesjetar qe dikur kishte qenë prone e Pebarch. Atë Boyle u kritikua qe kishte dhenë leje të veçantë dhe u hoq nga biblioteka në 1997. Profesori u dënua me katërmbëdhjetë muaj burg.
Askush nuk ka qasje të plotë në bibliotekë. Ekzistojnë rregulla të rrepta për ato që kanë leje per përmbajtjen qe mund të shohin dhe ndalohen fotot. Studentëve universitarë nuk u lejohet hyrja, lejohen vetëm studiuesit. Dijetarët duhet të kenë një rekomandim të veçantë nga një institut i njohur i kërkimit, ose nga një person i kualifikuar në fushën e kërkimit, dhe ata që hyjnë në leje duhet të paraqesin emrin dhe informacionin. Nuk ka shfletim, individëve u lejohet vetëm dokumenti specifik që kanë kërkuar, dhe lejohen vetëm tre dosje në ditë. Studiuesit nuk mund te hyjne me xhaketë apo me celular, dhe eshte i shoqëruar tërë kohën që hulumton dokumentet.
Askush nuk i di të gjitha përmbajtjet e dy milion librave brenda bibliotekës. Gjatë shekujve, Vatikani ka mbledhur thesare. Disa dorëshkrime janë 2000 vjeçare. Në antikitet ka pasur koleksionistë dhe madje edhe spiunë të caktuar me detyrën e gjurmimit të dorëshkrimeve të çmuara ose dokumenteve të rëndësishme për koleksionin e bibliotekës. Regjistrimet janë ruajtur në bibliotekë, dokumentet e nënshkruara dhe letrat janë mbajtur në bibliotekë. Në bibliotekë ka një materiale të ardhura nga tokat e largëta, siç janë dorëshkrimet kineze dhe persiane. Brenda koleksionit janë ruajtur me kujdes libra kuzhine dhe letra dashurie. Materialet e përdorura për vëllimet antike ishin pergameni i një dorëshkrimi ishte bërë me lëkurë të regjur kafshësh. Punëtorët e restaurimit punojnë me librat e shkatërruar dhe dokumentet e riparimit me bojë të vjetër të shtrenjtë që nga atëherë janë kthyer në acid dhe ka djegur pergamenë. Gjendet një sistem indeksi që daton nga shekulli i tetëmbëdhjetë. Letrat përfshijnë letërkëmbim nga nipi i Genghis Khan, Mozart dhe Adolf Hitler. Dorëshkrimet që dihet se ekzistojnë në bibliotekë janë parë nga studiuesit ose janë rrëfyer në librat e botuar në dorëshkrimet e bëra publike nga Vatikani. Ekziston një projekt i dixhitalizuar nga Vatikani për të porositur versione të librave elektronikë të disa prej këtij thesari të çmuar. Në vitin 2012 Biblioteka e Vatikanit festoi nje mije e katërqind vjetorin e saj, duke hapur një ekspozitë të 100 dokumenteve të zgjedhura nga biblioteka. Dokumentet brenda bibliotekës janë një shenjë e vërtetë e historisë nga periudha kohore ku janë krijuar, ose per personin për të cilin janë shkruar.
Natyrisht ka shumë teori konspirative lidhur me bibliotekën. Vatikani thotë se biblioteka nuk është sekret, por ‘private’. Sigurisht kufizimi ka shtuar dyshimet se çfarë ka brenda mureve të bibliotekës, që nëse raftet do të vendoseshin njeri pas tjetrit ato do të shtriheshin 50 kilometra. Duke qënë se çdo gjë pas vitit 1939 është rreptësisht e kufizuar për studiuesit dhe pertej mundesive të mberritjes te publikut. Kanë galuar thashetheme se çfarë tjetër është në bibliotekë dhe teoritë e konspiracionit përfshijnë skandale bankare, korrupsion dhe sekrete biblike.