Japonia ka bërë një rinumërim të ishujve të saj dhe ka zbuluar që ka në territorin e saj 7 mijë ishuj më shumë nga sa mendohej.
Hartat dixhitale të Autoritetit Gjeohapësinor të Japonisë zbuluan kohët e fundit se në territorin e saj ekzistojnë 14,125 ishuj gjithsej dhe jo 6852 që mendohej sipas një raporti të vitit 1987 nga Roja Bregdetare e Japonisë.
Edhe pse janë zbuluar 7000 ishuj të rinj, kjo nuk ka ndryshuar sipërfaqen e përgjithshme të tokës së Japonisë. Numri i ri nuk përfshin asnjë tokë të marrë nën zotërim artificialisht.
Autoriteti Gjeohapësinor i Japonisë bëri të ditur se zbulimi i ishujve të rinj është bërë falë përparimit teknologjik. Nuk ka një marrëveshje ndërkombëtare se si numërohen ishujt, e për këtë arsye Japonia përdori të njëjtat kritere përmasash si ai i 35 viteve më parë, që do të thotë se janë numëruar të gjitha sipërfaqet natyrore të tokës që kanë një perimetër prej të paktën 100 metra.
Japonia ka disa çështje të hapura territoriale për ishujt rreth saj.
Me Rusinë ka një mosmarrëveshje që prej Luftës së Dytë Botërore për ishujt Kuril. Tokio i konsideron si territoret e saj veriore, por faktikisht këta ishuj janë nën juridiksionin e Rusisë. Trupat sovjetike i pushtuan këto ishuj nga Japonia në fund të luftës.
Japonia pretendon gjithashtu edhe ishujt Senkaku në Detin e Kinës Lindore, që aktualisht i ka nën administrim, por Kina e kundërshton.
Edhe me Korenë e Jugut, Japonia ka një mosmarrëveshje me shumë se 70-vjeçare për sovranitetin e një grup ishujsh të quajtur Dokdo. Të dyja palët e pretendojnë.