Vlerat ushqyese të proteinave nuk varen vetëm nga prejardhja dhe përmbajtja e aminoacideve në to, por edhe nga mënyra e përpunimit të tyre, para se të përdoren si ushqim nga njeriu. Studime të shumta të kryera për proteina të veçanta dhe në mjaft produkte ushqimore kanë treguar se vlera ushqimore e proteinave pëson ndryshime si gjatë përpunimit termik të tyre, ashtu dhe gjatë ruajtjes për një periudhë të gjatë kohe të produkteve ushqimore. Pra nën veprimin e disa faktorëve të jashtëm mund të ndodhë denatyrimi dhe vjetërimi ose plakja e proteinave. Kështu p.sh. pjekja e bukës, përpunimi në mënyra të ndryshme termike i mishit, peshkut, vezëve, qumështit, perimeve, etj, sjell patjetër ndryshim në gjendjen fiziko-kimike të proteinave. Shpejtësia dhe shkalla e denatyrimit varet nga vetitë e proteinës dhe nga temperatura dhe koha e qëndrimit të saj. Ka disa proteina siç është kazeina e qumështit, që nuk pëson pothuajse asnjë ndryshim gjatë zierjes së tij. Në përgjithësi proteinat e denatyruara, e rrisin shkallën e asimilimit nga organizmi i njeriut kështu ndodh me mishin, peshkun,vezën etj. Tek produktet ushqimore që ruhen për një kohë të gjatë ndodh vjetërimi ose “plakja” e proteinave duke ndikuar negativisht në shkallën e asimilimit të tyre nga organizmi. Përgjithësisht këto produkte ushqimore fitojnë një konsistencë të ashpër, ziejnë (gatuhen) me vështirësi dhe humbasin shumë tregues shijorë të tyre. Një shembull tipik është vjetërimi i proteinave tek fasulja, kur këto ruhen për një kohë të gjatë. Ato ziejnë me vështirësi dhe nuk kanë atë shije që kanë patur kur ishin të reja. Po kështu ndodh edhe me mishin, kur ruhet për një kohë të gjatë, qoftë dhe në kushte frigoriferike.